Analizando la viabilidad de lo siguiente:

El gran problema al tener tantos mods en el servidor es que no es fácil actualizarlo. Este es el proceso que debo seguir para actualizar el servidor:
1º Se actualiza el Minecraft Forge (Carga los mods)
2º Los modders actualizan los mods (Vanilla) a la siguiente versión. A veces hay gente que NO los actualiza
3º Luego, la gente de MC Port Central porta los mods, que tardan muchísimo en portar. También aplicable lo de arriba
4º Actualizo Bukkit y TODOS los plugins, que cuyos creadores necesitan actualizar también
5º Me descargo los mods, de los que la mitad se pierden por el camino (Ejem, Little Blocks, ejem)
6º Meto las IDs de bloques para que todos los mods sean compatibles entre sí. Si se pierden los mods, desaparece todo lo correspondiente a ese mod en el mundo. Por ejemplo, si se perdiera el RedPower desaparecerían los árboles gigantes, mitad del cobre, mitad del estaño (tin), el sistema de seguridad del banco, el cierre automático de la puerta y mucho más.
7.Me meto al servidor y compruebo que todo está bien y que no hay muchos bugs.
8. Cuando está todo listo, creo un instalador y lo subo a Dropbox, y en la pestaña "Descargas" pongo el link.

Los primeros pasos pueden tardar de 1 semana a mes/es.

Aunque, sin embargo, si el server fuera Minecraft vanilla (Sin mods), podría actualizar el servidor en sólo 1/2 días. Os doy 4 posibilidades:

1)Radical: Deshacerse de TODOS los mods, y dejar el servidor totalmente bukkit-vanilla, usando sistemas primitivos de redstone ETC. Aunque el Smart Moving, al no ser necesario para entrar, se mantendría.

PROS:
-Mucho más fácil de actualizar
-Servidor más estable y quizá más rápido
-No harían falta instaladores, ni siquiera haría falta descargarse nada para entrar.

CONTRAS: 
-No cuenta ni de lejos con las posibilidades de el servidor con mods, siendo una gran diferencia.
-Se perdería todo lo que tenemos de mods.
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2)Medio-radical: Deshacerse de todos los mods, menos los principales como RedPower, Buildcraft e Industrialcraft (Probablemente también Wireless Redstone)

PROS: . 
-Es rápido de actualizar, aunque no tanto como la primera opción.
-Se mantendrían la Redstone 2.0 , los tubos y las máquinas, aumentando exponencialmente las posibilidades.

CONTRAS:
-Es más lento de actualizar que la opción 1
-Quizá también un poco de nada más inestable y lento.
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3)Normal: Mantener todo hasta como ahora, con todos los mods, esperando que se actualicen aunque alguno se pierda por el camino.

PROS:
-No se perdería nada, todo seguiría como hasta ahora.

CONTRAS:
-Infinitamente más lento de actualizar, siendo ésta la opción más lenta.
-El servidor tendría más bugs que con ninguna
-Es mucho más lento.
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4)Híbrida: Esta opción creo que es sencillamente la mejor, os explico: Se parte de la opción 2, pero los mods que se tuvieron en la versión anterior, según vayan saliendo para la nueva versión se irán haciendo actualizaciones del Frekit! cada X mods. Se haría inventario de todas las cosas que tenemos en el inventario, baúles etc. para según se vayan añadiendo los mods, se irían dando las cosas a los jugadores. El inventario lo haría yo, para que nadie diga que tenga más de lo que realmente tiene.

PROS: 
-No se perderían posibilidades.
-Se actualizaría más rápido de lo normal, contando con los beneficios de las versiones nuevas.
-No se perdería nada hecho con redstone del RedPower

CONTRAS:
-Habría que tener muchos más instaladores, siendo mucho más complicado tener el Minecraft al día.
-Habría que estar haciendo inventario de todo, que resultaría más complicado ya que todos los jugadores tendrían que conectarse y dejar todo lo que tengan en el inventario en X sitio.

Bueno, tenéis una encuesta en la parte superior de esta entrada donde podréis votar la mejor opción. La opción que tenga más votos el 27/08/12 a las 12:00 será la que se aplique para actualizar el servidor.  En el caso de que queden empatadas dos opciones, se elegirá la más equilibrada.